Соборная Православная Апостольская Церковь является независимым самоуправляющимся объединением епископов, клириков, монашествующих и мирян, сохранивших благодать апостольского преемства и основывающих свое каноническое существование на фундаменте постановлений Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917- 1918 гг., Указе Святейшего Патриарха Тихона № 362 от 7/20 ноября 1920 года, 89, 90 и 60 канонах Апостольской Православной Церкви, а также на древней (доимперской) традиции церковного управления на основе принципа автокефалии каждого епископа.

Соборная Православная Апостольская Церковь исповедует Апостольский и Никео-Цареградский Символы Веры и православное апостольское вероучение, основанное на Священном Писании и Священном Предании (учении святых Апостолов, святых Отцов, святых Вселенских Соборов), а также опирается на идейное и каноническое наследие Апостольской Православной Церкви, являющейся поздней ветвью православной катакомбной Церкви России, зарегистрированной в Москве в 2000г. (ЦРО ОПОАТ, рег. № 640) 

Её основателями являются представители катакомбного духовенства архиепископ Стефан (Линицкий), епископ Кириак (Темерциди) и священник Глеб Якунин.